Το «Ηπειρωτικό Αρχείο» ιδρύθηκε το 1938, ως Τμήμα της Ζωσιμαίας Δημόσιας Κεντρικής Βιβλιοθήκης Ιωαννίνων με σκοπό “την περισυλλογή και συντήρηση κάθε γραπτού μνημείου, που σχετίζεται με την ιστορία της Ηπείρου” (Α.Ν.1161/31-3-1938, άρθρο7). Η Ζωσιμαία Βιβλιοθήκη και το Ηπειρωτικό Αρχείο λειτουργούσαν με επιχορήγηση των Αγαθοεργών Καταστημάτων από την ίδρυσή τους μέχρι το 1978, που η Ζωσιμαία Βιβλιοθήκη έγινε Δημόσια (Ν.1168/1978).

Το 1991 το Ηπειρωτικό Αρχείο ανεξαρτητοποιήθηκε από τη Ζωσιμαία Βιβλιοθήκη, μετονομάστηκε σε «ΓΑΚ – Αρχεία Νομού Ιωαννίνων» (Ν. 1946/14-5-1991, τ. Α΄, αρ. φ. 69, άρθρο 18, αρ. 37) και από το 2005 λειτουργεί σε επίπεδο Διεύθυνσης με έδρα τα Ιωάννινα (ΦΕΚ 260, τεύχος Α΄, Ν. 3404/17-10-2005, άρθρο 21). Υπάγονται στην Κεντρική Υπηρεσία (Κ.Υ.) που λειτουργεί σε επίπεδο Γενικής Διεύθυνσης και είναι αρμόδια για την εποπτεία και το συντο­νισμό των επιμέρους Διευθύνσεων και Τμημάτων, σε κεντρικό και περιφερειακό επίπεδο (Ν. 4610/2019  ΦΕΚ 70/7-5-2019)